Eugeniusz Kwiatkowski urodził się 30 grudnia 1888 r. w Krakowie. Jego ojciec Jan był inżynierem kolejowym, matka Wincenta pochodziła ze znanej krakowskiej rodziny mieszczańskiej Moszczeńskich. Dzieciństwo spędził w Czernichowcach na granicy Podola i Wołynia, uczęszczał do gimnazjum oo. Jezuitów w Bąkowicach pod Chyrowem, a w latach 1907 - 1910 studiował chemię na Politechnice Lwowskiej. Studia ukończył w 1912 r. na Uniwersytecie w Monachium, gdzie uzyskał dyplom inżyniera chemika. W okresie nauki we Lwowie związał się z młodzieżowymi organizacjami niepodległościowymi "Zet" i "Zarzewie". Następnie był członkiem Polskich Drużyn Strzeleckich. Praktykę zawodową zdobywał w Łodzi, Lwowie i Lublinie, gdzie zastał go wybuch I wojny światowej. Kwiatkowski walczył najpierw w Legionie Wschodnim, później w Legionach Polskich, a także konspirował w Polskiej Organizacji Wojskowej. W okresie wojny polsko-bolszewickiej pracował w Głównym Urzędzie Zaopatrzenia Armii przy Ministerstwie Spraw Wojskowych. Nie wiązał jednak swej przyszłości z armią i w 1921 r. wystąpił z wojska w stopniu porucznika.

       Eugeniusz Kwiatkowski podjął pracę naukową na Politechnice Warszawskiej, uzyskał też docenturę. Już w 1923 r. jego kolega z Polskiego Towarzystwa Chemicznego prof. Ignacy Mościcki wezwał go do współkierowania przejętą od Niemców fabryką chemiczną w Chorzowie. Kwiatkowski został jej dyrektorem technicznym. Po przewrocie majowym w 1926 r. powołany został do Warszawy na stanowisko ministra przemysłu i handlu w rządzie Kazimierza Bartla. Przez 4 lata pełnił tę funkcję i w tym czasie przyczynił się do przyspieszenia budowy portu i miasta Gdyni. Zapoczątkował rozwój towarzystw żeglugowych oraz sprawował pieczę nad budową najnowocześniejszej w owym czasie Państwowej Fabryki Związków Azotowych w Mościcach pod Tarnowem, której w 1931 r. został naczelnym dyrektorem. Rok później z jego inicjatywy utworzono Zjednoczone Fabryki Państwowe Związków Azotowych, w skład których weszły fabryki: mościcka, chorzowska i Spółka Akcyjna "Azot" w Borach koło Jaworzna. Kolejny raz powołany na rządowe stanowiska pełnił w latach 1935 - 1939 funkcje ministra skarbu i wicepremiera w gabinetach Mariana Zyndrama - Kościałowskiego (1935 - 1936) i Felicjana Sławoja - Składkowskiego (1936 - 1939) kierując całokształtem życia gospodarczego Rzeczypospolitej Polskiej. Jego najważniejszą ideą gospodarczą była budowa zakładów w ramach planu Centralnego Okręgu Przemysłowego. Powstały wtedy: huta stali w Pławnie (wkrótce przemianowana na Stalową Wolę), fabryka celulozy w Niedomicach, fabryka gum jezdnych w Dębicy, elektrownia z zaporą na Dunajcu w Rożnowie, zakłady przemysłu lotniczego w Rzeszowie i Mielcu.

       Po wybuchu II wojny światowej udał się na emigrację, w Rumunii jednak został internowany. Poświęcił się wtedy badaniem nad problemami historii gospodarczej świata. Powrócił do kraju w 1945 r., gdy otrzymał stanowisko Delegata Rządu do Spraw Wybrzeża i przewodniczącego Komisji Planu Rozbudowy Trójmiasta. Eugeniusz Kwiatkowski zapalił się do tej pracy, mógł powrócić nad ukochane morze. Szybko się jednak okazało, że nie może realizować swoich planów gospodarczych, nie zgadzały się bowiem z linią polityczną nowego rządu. Kategoryczna odmowa Kwiatkowskiego na wstąpienie do PPR-u stała się bezpośrednią przyczyną usunięcia go z Delegatury i pozbawienia jakichkolwiek działań, w tym również naukowych (był autorem wielu rozpraw naukowych) i dydaktycznych (wykładał wtedy historię gospodarczą na Uniwersytecie Jagiellońskim). Po wygaśnięciu mandatu poselskiego w 1952 r. przeszedł na emeryturę.